Terdegradasi Ke 2. Bundesliga
Kemunduran ke 2. Bundesliga mengakibatkan periode performa yang biasanya menyedihkan. Fortuna habiskan beberapa tahun di antara 2013 serta 2017 di tengahnya meja, seringkali berusaha menantang kemunduran serta jarang-jarang melawan untuk promo kembali pada Bundesliga. Semasa beberapa tahun ini, club alami rangkaian perkembangan training, dengan Oliver Reck, Frank Kramer, serta bekas pemain Mike Buskens diantaranya pimpin club di beberapa titik. [8] Tetapi kesuksesan masih susah dimengerti.
Pada bulan Maret 2016, Friedhelm Funkel - yang datang dari Neuss - menggantikan untuk pelatih Fortuna Düsseldorf. Dalam laga pertama kalinya untuk pelatih, Funkel pimpin club menang 4–3 menantang 1. FC Kaiserslautern, akhiri kemenangan berturut-turut semasa satu bulan tanpa ada kemenangan. [9] Awal Funkel untuk pelatih mengidentifikasi diawalinya periode kenaikan kestabilan serta keberhasilan buat Fortuna.
Pada awal musim 2017-18, dua pemain terkuat Fortuna dari tahun awalnya, penjaga gawang Michael Rensing serta striker Ihlas Bebou, saling tersisih dari club dengan Rensing menanggung derita dua tulang rusuk yang patah [10] serta Bebou mentransfer ke team Bundesliga, Hannover 96. [11] Kemerosotan setelah itu jika asisten Funkel Peter Hermann minta untuk dibebaskan dari kontraknya dengan Fortuna untuk masuk kembali lagi dengan tutornya Jupp Heynckes sekembalinya ke FC Bayern. [12] Dengan tiga kekalahan ini, nampaknya musim 2017–18 dapat jadi susah buat Fortuna. Tetapi, club mulai benar-benar kuat: di hari ke-4 musim, Fortuna sudah naik ke tempat pertama di meja, dengan hasil seimbang serta tiga kemenangan. Untuk tersisa tahun ini, mereka tidak jatuh di bawah tempat ke-3, mendapatkan faedah dari permainan yang benar-benar kuat dengan pergantian arah Rensing, Raphael Wolf, pemain depan Belgia yang baru diambil Benito Raman, penyerang Rouwen Hennings, serta pemain tengah Florian Neuhaus. [13] Penurunan diakhir musim melihat Fortuna kehilangan tiga laga beruntun pada awal April, tapi Fortuna memenangi dua laga selanjutnya, amankan promo ke Bundesliga. [14] [15] Pada laga paling akhir musim ini, dengan promo telah ditangkap, Fortuna menaklukkan 1. FC Nürnberg 3: 2 pada gol menit paling akhir hingga amankan tempat pertama serta 2. Seksi Championship. Buat pelatih Friedhelm Funkel, ini mengidentifikasi ke enam kalinya ia pimpin club untuk promo — rekor Jerman.
Kembalinya Fortuna Düsseldorf ke sepakbola seksi satu pada 2018-19 diterima dengan ketertarikan oleh beberapa simpatisan mereka. [16] Paruh pertama musim ini diikuti dengan permainan yang kuat tapi tidak persisten. [17] Fortuna bermain benar-benar baik menantang team-team Bundesliga paling atas, ambil satu point dari Leipzig serta menaklukkan Hoffenheim serta Borussia Dortmund tempat pertama. [18] Yang sangat menyenangkan ialah hasil seimbang menantang juara bertahan Bayern Munich, saat Fortuna kembali lagi sesudah ketinggalan 2-0 serta 3-1, untuk amankan hasil seimbang 3-3 di menit ke-93, dengan Dodi Lukebakio cetak ke-3 gol Fortuna. [ 19] Tetapi, Fortuna tidak berhasil bermain dengan persistensi serta keteguhan yang sama menantang tim-tim yang semakin rendah dalam tabel, menantang siapa mereka akan berusaha untuk hindari kemunduran, kalah dari Augsburg, Nürnberg serta Mainz, serta cuma mengurus hasil seimbang menantang Stuttgart. [17] Fortuna Düsseldorf masuk istirahat tengah musim dingin dalam tempat ke-14 dalam tabel, akhiri paruh pertama musim ini dengan tiga kemenangan berturut-turut menantang Freiburg, Dortmund serta Hannover. Fortuna Düsseldorf nikmati paruh ke-2 musim yang semakin persisten, dengan kemenangan tandang atas Augsburg, Hertha Berlin serta salah satunya performa paling baik mereka dalam beberapa saat paling akhir, performa cemerlang dalam kemenangan 0-4 di Schalke 04. Kemenangan 4-1 di kandang buat Werder Bremen serta kemenangan 3-1 atas Borussia Mönchengladbach jadi perhatian di kandang sendiri, sesaat kemenangan kandang yang lain atas VfB Stuttgart, Nürnberg serta kekalahan pada hari paling akhir Hannover 96 pastikan finish di tempat ke-10 di Bundesliga. Ini capai finis liga paling tinggi Fortuna Düsseldorf semenjak musim Bundesliga 1989-90, dimana mereka finish di rangking ke-9.
